Mae egwyddor weithredol gwahanydd arbenigol yn seiliedig yn bennaf ar rym allgyrchol a'r gwahaniaethau mewn priodweddau ffisegol y deunyddiau i gyflawni gwahaniad hylif solet neu hylif. Gellir rhannu'r broses graidd yn dri cham:
Yn gyntaf, mae'r deunyddiau sydd i'w gwahanu yn mynd i mewn i siambr gylchdroi'r gwahanydd trwy'r fewnfa porthiant.
Yn ail, mae'r grym allgyrchol a gynhyrchir gan gylchdroi cyflym yn achosi i ronynnau solet dwysach gael eu hadneuo ar ymyl y siambr, tra bod hylifau llai trwchus yn cael eu gollwng trwy'r sgrin neu'r allfa gorlif.
Yn olaf, mae solidau a hylifau'r gwahanydd arbenigol yn allbwn trwy wahanol allfeydd rhyddhau, gan gwblhau'r broses wahanu.